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    Exploring Biomolecular Conformational Dynamics with Polarizable Force Field AMOEBA and Enhanced Sampling Method Milestoning.
    Yang, X ; Liu, C ; et al.
    In: Journal of chemical theory and computation, Jg. 20 (2024-05-28), Heft 10, S. 4065-4075
    academicJournal
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    Nanopore Translocation Reveals Electrophoretic Force on Noncanonical RNA:DNA Double Helix.
    Bošković, F ; Maffeo, C ; et al.
    In: ACS nano, Jg. 18 (2024-06-11), Heft 23, S. 15013-15024
    academicJournal
    Wie komme ich dran?
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    OxDNA.org: a public webserver for coarse-grained simulations of DNA and RNA nanostructures.
    Poppleton, E ; Romero, R ; et al.
    In: Nucleic acids research, Jg. 49 (2021-07-02), Heft W1, S. W491-W498
    Online academicJournal
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    Wie komme ich dran?
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    Self-Assembly of DNA and RNA Building Blocks Explored by Nitrogen-14 NMR Crystallography: Structure and Dynamics.
    Carnevale, D ; Hollenstein, M ; et al.
    In: Chemphyschem : a European journal of chemical physics and physical chemistry, Jg. 21 (2020-05-18), Heft 10, S. 1044-1051
    Online academicJournal
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    Atomic-level reconstruction of biomolecules by a rigid-fragment- and local-frame-based (RF-LF) strategy.
    Li, M ; Teng, B ; et al.
    In: Journal of molecular modeling, Jg. 26 (2020-01-21), Heft 2, S. 31
    Online academicJournal
    Zugriff:
    Full Text Finder (Volltext)
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  6. Detailansicht für Treffer 6 öffnen
    Mechanism for APOBEC3G catalytic exclusion of RNA and non-substrate DNA.
    Solomon, WC ; Myint, W ; et al.
    In: Nucleic acids research, Jg. 47 (2019-08-22), Heft 14, S. 7676-7689
    Online academicJournal
    Zugriff:
    Full Text Finder (Volltext)
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    NAPS update: network analysis of molecular dynamics data and protein-nucleic acid complexes.
    Chakrabarty, B ; Naganathan, V ; et al.
    In: Nucleic acids research, Jg. 47 (2019-07-02), Heft W1, S. W462-W470
    Online academicJournal
    Zugriff:
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    Explicit ions/implicit water generalized Born model for nucleic acids.
    Tolokh, IS ; Thomas, DG ; et al.
    In: The Journal of chemical physics, Jg. 148 (2018-05-21), Heft 19, S. 195101
    academicJournal
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    Structure and Dynamics of DNA and RNA Double Helices Obtained from the CCG and GGC Trinucleotide Repeats.
    Pan, F ; Man, VH ; et al.
    In: The journal of physical chemistry. B, Jg. 122 (2018-04-26), Heft 16, S. 4491-4512
    academicJournal
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  10. Detailansicht für Treffer 10 öffnen
    Polarizable Multipole-Based Force Field for Aromatic Molecules and Nucleobases.
    Zhang, C ; Bell, D ; et al.
    In: Journal of chemical theory and computation, Jg. 13 (2017-02-14), Heft 2, S. 666-678
    academicJournal
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  11. Detailansicht für Treffer 11 öffnen
    Large-Scale Analysis of 48 DNA and 48 RNA Tetranucleotides Studied by 1 μs Explicit-Solvent Molecular Dynamics Simulations.
    Schrodt, MV ; Andrews, CT ; et al.
    In: Journal of chemical theory and computation, Jg. 11 (2015-12-08), Heft 12, S. 5906-17
    academicJournal
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    Structural Model of RNA Polymerase II Elongation Complex with Complete Transcription Bubble Reveals NTP Entry Routes.
    Zhang, L ; Silva, DA ; et al.
    In: PLoS computational biology, Jg. 11 (2015-07-02), Heft 7, S. e1004354
    Online academicJournal
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    webSDA: a web server to simulate macromolecular diffusional association.
    Yu, X ; Martinez, M ; et al.
    In: Nucleic acids research, Jg. 43 (2015-07-01), Heft W1, S. W220-4
    Online academicJournal
    Zugriff:
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    All-atom crystal simulations of DNA and RNA duplexes.
    Liu, C ; Janowski, PA ; et al.
    In: Biochimica et biophysica acta, Jg. 1850 (2015-05-01), Heft 5, S. 1059-1071
    academicJournal
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    Conformational studies of chiral D-Lys-PNA and achiral PNA system in binding with DNA or RNA through a molecular dynamics approach.
    Autiero, I ; Saviano, M ; et al.
    In: European journal of medicinal chemistry, Jg. 91 (2015-02-16), S. 109-17
    academicJournal
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    Applications of quantum mechanical/molecular mechanical methods to the chemical insertion step of DNA and RNA polymerization.
    Perera, L ; Beard, WA ; et al.
    In: Advances in protein chemistry and structural biology, Jg. 97 (2014), S. 83-113
    academicJournal
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    Multiscale modeling of double-helical DNA and RNA: a unification through Lie groups.
    Wolfe, KC ; Hastings, WA ; et al.
    In: The journal of physical chemistry. B, Jg. 116 (2012-07-26), Heft 29, S. 8556-72
    academicJournal
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    Molecular dynamics simulations of G-DNA and perspectives on the simulation of nucleic acid structures.
    Sponer, J ; Cang, X ; et al.
    In: Methods (San Diego, Calif.), Jg. 57 (2012-05-01), Heft 1, S. 25-39
    academicJournal
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    Understanding biomolecular motion, recognition, and allostery by use of conformational ensembles.
    Fenwick, RB ; Esteban-Martín, S ; et al.
    In: European biophysics journal : EBJ, Jg. 40 (2011-12-01), Heft 12, S. 1339-55
    Online academicJournal
    Zugriff:
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    RNA polymerase II with open and closed trigger loops: active site dynamics and nucleic acid translocation.
    Feig, M ; Burton, ZF
    In: Biophysical journal, Jg. 99 (2010-10-20), Heft 8, S. 2577-86
    Online academicJournal
    Zugriff:
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