Einzeltreffer — DigiBib

Unlabelled: Identifying the epitope to which an antibody binds is central for many immunological applications such as drug design and vaccine development. The Pepitope server is a web-based tool that aims at predicting discontinuous epitopes based on a set of peptides that were affinity-selected against a monoclonal antibody of interest. The server implements three different algorithms for epitope mapping: PepSurf, Mapitope, and a combination of the two. The rationale behind these algorithms is that the set of peptides mimics the genuine epitope in terms of physicochemical properties and spatial organization. When the three-dimensional (3D) structure of the antigen is known, the information in these peptides can be used to computationally infer the corresponding epitope. A user-friendly web interface and a graphical tool that allows viewing the predicted epitopes were developed. Pepitope can also be applied for inferring other types of protein-protein interactions beyond the immunological context, and as a general tool for aligning linear sequences to a 3D structure.

Availability: http://pepitope.tau.ac.il/

Titel:	Pepitope: epitope mapping from affinity-selected peptides.
Autor/in / Beteiligte Person:	Mayrose, I ; Penn, O ; Erez, E ; Rubinstein, ND ; Shlomi, T ; Freund, NT ; Bublil, EM ; Ruppin, E ; Sharan, R ; Gershoni, JM ; Martz, E ; Pupko, T
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 23 (2007-12-01), Heft 23, S. 3244-6
Veröffentlichung:	Oxford : Oxford University Press, c1998-, 2007
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1367-4811 (electronic)
DOI:	10.1093/bioinformatics/btm493
Schlagwort:	Amino Acid Sequence Binding Sites Molecular Sequence Data Protein Binding Algorithms Epitope Mapping methods Peptides chemistry Peptides immunology Sequence Alignment methods Sequence Analysis, Protein methods Software
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article; Research Support, Non-U.S. Gov't; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. Language: English [Bioinformatics] 2007 Dec 01; Vol. 23 (23), pp. 3244-6. <i>Date of Electronic Publication: </i>2007 Oct 31. MeSH Terms: Algorithms* ; Software* ; Epitope Mapping / methods ; Peptides / chemistry ; Peptides / immunology ; Sequence Alignment / methods ; Sequence Analysis, Protein / *methods ; Amino Acid Sequence ; Binding Sites ; Molecular Sequence Data ; Protein Binding References: J Mol Biol. 2003 Nov 14;334(1):87-101. (PMID: 14596802) ; J Mol Biol. 2006 May 26;359(1):190-201. (PMID: 16630634) ; Protein Sci. 2003 Jul;12(7):1344-59. (PMID: 12824481) ; Trends Biochem Sci. 1995 Sep;20(9):374. (PMID: 7482707) ; Bioinformatics. 2006 May 1;22(9):1088-95. (PMID: 16434442) ; Blood. 2003 Aug 1;102(3):949-52. (PMID: 12676786) ; J Comput Chem. 2005 Jul 15;26(9):879-87. (PMID: 15834923) ; Nucleic Acids Res. 2005 Jul 1;33(Web Server issue):W39-43. (PMID: 15980496) ; FASEB J. 2006 Sep;20(11):1762-74. (PMID: 16940148) ; BMC Bioinformatics. 2007 Mar 08;8 Suppl 1:S6. (PMID: 17430573) ; Curr Opin Chem Biol. 2001 Jun;5(3):314-24. (PMID: 11479124) ; Nucleic Acids Res. 2007;35(1):69-78. (PMID: 17151070) ; J Comput Chem. 2002 Apr 30;23(6):600-9. (PMID: 11939594) ; Proteins. 2007 Jul 1;68(1):294-304. (PMID: 17427229) Substance Nomenclature: 0 (Peptides) Entry Date(s): Date Created: 20071106 Date Completed: 20071221 Latest Revision: 20211020 Update Code: 20240513 PubMed Central ID: PMC7110138

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Pepitope: epitope mapping from affinity-selected peptides.