Quantitative, time-resolved proteomic analysis by combining bioorthogonal noncanonical amino acid tagging and pulsed stable isotope labeling by amino acids in cell culture.

Bagert, JD ; Xie, YJ ; et al.

In: Molecular & cellular proteomics : MCP, Jg. 13 (2014-05-01), Heft 5, S. 1352-8

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An approach to proteomic analysis that combines bioorthogonal noncanonical amino acid tagging (BONCAT) and pulsed stable isotope labeling with amino acids in cell culture (pSILAC) provides accurate quantitative information about rates of cellular protein synthesis on time scales of minutes. The method is capable of quantifying 1400 proteins produced by HeLa cells during a 30 min interval, a time scale that is inaccessible to isotope labeling techniques alone. Potential artifacts in protein quantification can be reduced to insignificant levels by limiting the extent of noncanonical amino acid tagging. We find no evidence for artifacts in protein identification in experiments that combine the BONCAT and pSILAC methods.

Titel:	Quantitative, time-resolved proteomic analysis by combining bioorthogonal noncanonical amino acid tagging and pulsed stable isotope labeling by amino acids in cell culture.
Autor/in / Beteiligte Person:	Bagert, JD ; Xie, YJ ; Sweredoski, MJ ; Qi, Y ; Hess, S ; Schuman, EM ; Tirrell, DA
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Molecular & cellular proteomics : MCP, Jg. 13 (2014-05-01), Heft 5, S. 1352-8
Veröffentlichung:	2021- : [New York, NY] : Elsevier Inc. on behalf of American Society for Biochemistry and Molecular Biology ; <i>Original Publication</i>: Bethesda, MD : American Society for Biochemistry and Molecular Biology, [2002-, 2014
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1535-9484 (electronic)
DOI:	10.1074/mcp.M113.031914
Schlagwort:	Amino Acids pharmacology Cell Culture Techniques Chromatography, Liquid HeLa Cells Humans Mass Spectrometry Peptides analysis Proteins chemistry Amino Acids chemistry Isotope Labeling methods Proteins metabolism Proteomics methods
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article; Research Support, N.I.H., Extramural; Research Support, Non-U.S. Gov't; Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. Language: English [Mol Cell Proteomics] 2014 May; Vol. 13 (5), pp. 1352-8. <i>Date of Electronic Publication: </i>2014 Feb 21. MeSH Terms: Amino Acids / chemistry ; Isotope Labeling / methods ; Proteins / metabolism ; Proteomics / methods ; Amino Acids / pharmacology ; Cell Culture Techniques ; Chromatography, Liquid ; HeLa Cells ; Humans ; Mass Spectrometry ; Peptides / analysis ; Proteins / chemistry References: J Proteomics. 2012 Dec 21;77:e1-10. (PMID: 22967496) ; Acc Chem Res. 2011 Sep 20;44(9):666-76. (PMID: 21838330) ; Proteomics. 2009 Jan;9(1):205-9. (PMID: 19053139) ; J Biol Chem. 1980 Oct 10;255(19):9082-92. (PMID: 6251075) ; Nat Protoc. 2007;2(3):532-40. (PMID: 17406607) ; Bioconjug Chem. 2012 Mar 21;23(3):392-8. (PMID: 22372991) ; J Immunol Methods. 2012 Aug 31;382(1-2):189-95. (PMID: 22698787) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 May 11;107(19):8627-32. (PMID: 20421494) ; Proteomics. 2012 Jan;12(1):21-31. (PMID: 22065615) ; Nat Methods. 2013 Apr;10(4):343-6. (PMID: 23474466) ; Nat Biotechnol. 2012 Oct;30(10):984-90. (PMID: 23000932) ; Cell. 2012 Feb 17;148(4):752-64. (PMID: 22341447) ; J Biochem. 2013 Sep;154(3):257-64. (PMID: 23694781) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Jun 20;103(25):9482-7. (PMID: 16769897) ; Nat Neurosci. 2010 Jul;13(7):897-905. (PMID: 20543841) ; PLoS One. 2011 Mar 08;6(3):e16783. (PMID: 21408144) ; Nat Biotechnol. 2008 Dec;26(12):1367-72. (PMID: 19029910) ; Chem Commun (Camb). 2010 Jan 7;46(1):97-9. (PMID: 20024305) ; J Biol Chem. 2003 May 30;278(22):19885-90. (PMID: 12660248) ; Proteomics. 2012 Aug;12(15-16):2464-76. (PMID: 22744909) ; J Neurosci. 2010 Nov 10;30(45):15113-23. (PMID: 21068317) ; Science. 2010 May 28;328(5982):1161-4. (PMID: 20508129) ; Nat Protoc. 2007;2(8):1896-906. (PMID: 17703201) ; ACS Chem Neurosci. 2012 Jan 18;3(1):40-49. (PMID: 22347535) ; J Am Chem Soc. 2010 Dec 29;132(51):18351-60. (PMID: 21141861) ; Nat Protoc. 2007;2(8):1884-7. (PMID: 17703199) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Jan 8;99(1):19-24. (PMID: 11752401) ; J Biol Chem. 1995 Dec 8;270(49):29323-9. (PMID: 7493965) ; Cell. 2010 May 14;141(4):632-44. (PMID: 20434207) Grant Information: R01 GM062523 United States GM NIGMS NIH HHS Substance Nomenclature: 0 (Amino Acids) ; 0 (Peptides) ; 0 (Proteins) Entry Date(s): Date Created: 20140225 Date Completed: 20150106 Latest Revision: 20211021 Update Code: 20231215 PubMed Central ID: PMC4014290

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