A-DaGO-Fun: an adaptable Gene Ontology semantic similarity-based functional analysis tool.

Mazandu, GK ; Chimusa, ER ; et al.

In: Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 32 (2016-02-01), Heft 3, S. 477-9

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Summary: Gene Ontology (GO) semantic similarity measures are being used for biological knowledge discovery based on GO annotations by integrating biological information contained in the GO structure into data analyses. To empower users to quickly compute, manipulate and explore these measures, we introduce A-DaGO-Fun (ADaptable Gene Ontology semantic similarity-based Functional analysis). It is a portable software package integrating all known GO information content-based semantic similarity measures and relevant biological applications associated with these measures. A-DaGO-Fun has the advantage not only of handling datasets from the current high-throughput genome-wide applications, but also allowing users to choose the most relevant semantic similarity approach for their biological applications and to adapt a given module to their needs.

Availability and Implementation: A-DaGO-Fun is freely available to the research community at http://web.cbio.uct.ac.za/ITGOM/adagofun. It is implemented in Linux using Python under free software (GNU General Public Licence).

Contact: gmazandu@cbio.uct.ac.za or Nicola.Mulder@uct.ac.za

Supplementary Information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.

Titel:	A-DaGO-Fun: an adaptable Gene Ontology semantic similarity-based functional analysis tool.
Autor/in / Beteiligte Person:	Mazandu, GK ; Chimusa, ER ; Mbiyavanga, M ; Mulder, NJ
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Bioinformatics (Oxford, England), Jg. 32 (2016-02-01), Heft 3, S. 477-9
Veröffentlichung:	Oxford : Oxford University Press, c1998-, 2016
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1367-4811 (electronic)
DOI:	10.1093/bioinformatics/btv590
Schlagwort:	Databases, Factual Humans Computational Biology methods Gene Ontology Genes Molecular Sequence Annotation methods Proteins genetics Semantics Software
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article; Research Support, N.I.H., Extramural; Research Support, Non-U.S. Gov't Language: English [Bioinformatics] 2016 Feb 01; Vol. 32 (3), pp. 477-9. <i>Date of Electronic Publication: </i>2015 Oct 17. MeSH Terms: Gene Ontology* ; Genes* ; Semantics* ; Software* ; Computational Biology / methods ; Molecular Sequence Annotation / methods ; Proteins / *genetics ; Databases, Factual ; Humans References: Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W345-9. (PMID: 19491312) ; Bioinformatics. 2014 Aug 1;30(15):2235-6. (PMID: 24659104) ; Biomed Res Int. 2013;2013:292063. (PMID: 24078912) ; IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform. 2015 Mar-Apr;12(2):322-34. (PMID: 26357220) ; PLoS One. 2014 Dec 04;9(12):e113859. (PMID: 25474538) ; Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D559-64. (PMID: 22102568) ; Bioinformatics. 2007 May 15;23(10):1274-81. (PMID: 17344234) ; BMC Bioinformatics. 2007 May 22;8:166. (PMID: 17519018) ; Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D1057-63. (PMID: 25378336) ; Bioinformatics. 2010 Apr 1;26(7):976-8. (PMID: 20179076) ; BMC Bioinformatics. 2013 Sep 25;14:284. (PMID: 24067102) ; Bioinformatics. 2014 Mar 1;30(5):740-2. (PMID: 24108186) ; BMC Bioinformatics. 2006 Mar 14;7:135. (PMID: 16536867) Grant Information: U41 HG006941 United States HG NHGRI NIH HHS; U41HG006941 United States HG NHGRI NIH HHS Substance Nomenclature: 0 (Proteins) Entry Date(s): Date Created: 20151019 Date Completed: 20160929 Latest Revision: 20200118 Update Code: 20240513 PubMed Central ID: PMC5006308

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