Single-cell-specific drug activities are revealed by a tensor imputation algorithm.

In: Nature computational science, Jg. 2 (2022-11-01), Heft 11, S. 707-708

academicJournal

Titel:	Single-cell-specific drug activities are revealed by a tensor imputation algorithm.
Zeitschrift:	Nature computational science, Jg. 2 (2022-11-01), Heft 11, S. 707-708
Veröffentlichung:	[New York, N.Y.] : Springer Nature, [2021]-, 2022
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	2662-8457 (electronic)
DOI:	10.1038/s43588-022-00353-7
Schlagwort:	Oligonucleotide Array Sequence Analysis Algorithms
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [Nat Comput Sci] 2022 Nov; Vol. 2 (11), pp. 707-708. MeSH Terms: Algorithms* ; Oligonucleotide Array Sequence Analysis References: Lamb, J. et al. The Connectivity Map: using gene-expression signatures to connect small molecules, genes, and disease. Science 313, 1929–1935 (2006). This paper reports a pioneering database of chemically induced transcriptome data for human cell lines. (PMID: 10.1126/science.1132939) ; Subramanian, A. et al. A next generation connectivity map: L1000 platform and the first 1,000,000 profiles. Cell 171, 1437–1452 (2017). This paper reports a large-scale database of chemically induced transcriptome data for human cell lines. (PMID: 10.1016/j.cell.2017.10.049) ; Yuan, L., Zhao, Q. & Cao, J. Completion of high order tensor data with missing entries via tensor-train decomposition. In ICONIP 2017 (eds Liu, D. et al) 222–229 (Springer, 2017). This paper reports a tensor decomposition algorithm. ; How, W. et al. A systematic evaluation of single-cell RNA-sequencing imputation methods. Genome Biol. 21, 218 (2020). A review article that evaluates imputation methods for single-cell RNA-sequencing data. (PMID: 10.1186/s13059-020-02132-x) ; Marquina-Sanchez, B. et al. Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets. Genome Biol. 21, 106 (2020). This paper reports drug-induced single-cell gene expression data in pancreatic islets. (PMID: 10.1186/s13059-020-02006-2) Entry Date(s): Date Created: 20240104 Date Completed: 20240108 Latest Revision: 20240112 Update Code: 20240112

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