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We present the first chromosome-level genome assembly and annotation of the pearly heath Coenonympha arcania, generated with a PacBio HiFi sequencing approach and complemented with Hi-C data. We additionally compare synteny, gene, and repeat content between C. arcania and other Lepidopteran genomes. This reference genome will enable future population genomics studies with Coenonympha butterflies, a species-rich genus that encompasses some of the most highly endangered butterfly taxa in Europe.

Titel:	Chromosome-Level Assembly and Annotation of the Pearly Heath Coenonympha arcania Butterfly Genome.
Autor/in / Beteiligte Person:	Legeai, F ; Romain, S ; Capblancq, T ; Doniol-Valcroze, P ; Joron, M ; Lemaitre, C ; Després, L
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Genome biology and evolution, Jg. 16 (2024-03-02), Heft 3
Veröffentlichung:	Oxford, UK : Oxford University Press, 2024
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1759-6653 (electronic)
DOI:	10.1093/gbe/evae055
Schlagwort:	Animals Genome Chromosomes genetics Synteny Europe Molecular Sequence Annotation Butterflies genetics
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [Genome Biol Evol] 2024 Mar 02; Vol. 16 (3). MeSH Terms: Butterflies* / genetics ; Animals ; Genome ; Chromosomes / genetics ; Synteny ; Europe ; Molecular Sequence Annotation References: Genome Biol. 2017 Nov 30;18(1):229. (PMID: 29191225) ; Mol Ecol. 2015 Dec;24(24):6209-22. (PMID: 26581657) ; Bioinformatics. 2014 Apr 1;30(7):923-30. (PMID: 24227677) ; BMC Bioinformatics. 2018 May 30;19(1):189. (PMID: 29843602) ; Nat Biotechnol. 2020 Mar;38(3):276-278. (PMID: 32055031) ; Genes Genomics. 2019 Jul;41(7):747-755. (PMID: 30900191) ; Bioinformatics. 2020 May 1;36(9):2896-2898. (PMID: 31971576) ; Evol Appl. 2020 Feb 07;13(6):1435-1450. (PMID: 32684968) ; Bioinformatics. 2018 Sep 15;34(18):3094-3100. (PMID: 29750242) ; Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D337-D344. (PMID: 36399486) ; BMC Bioinformatics. 2009 Dec 15;10:421. (PMID: 20003500) ; Cell. 2011 Nov 23;147(5):1171-85. (PMID: 22118469) ; Mol Phylogenet Evol. 2006 Jul;40(1):29-49. (PMID: 16563805) ; Mol Ecol Resour. 2023 May;23(4):872-885. (PMID: 36533297) ; Genome Res. 2018 Nov;28(11):1720-1732. (PMID: 30341161) ; Wellcome Open Res. 2021 Nov 5;6:296. (PMID: 36866280) ; Bioinformatics. 2015 Oct 1;31(19):3210-2. (PMID: 26059717) ; Gigascience. 2021 Feb 16;10(2):. (PMID: 33590861) ; Elife. 2022 Sep 09;11:. (PMID: 36083267) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Apr 28;117(17):9451-9457. (PMID: 32300014) ; Bioinformatics. 2018 Mar 1;34(5):867-868. (PMID: 29096012) ; Nat Commun. 2020 Dec 10;11(1):6327. (PMID: 33303762) ; Mol Phylogenet Evol. 2010 Feb;54(2):386-94. (PMID: 19686856) ; Bioinformatics. 2013 Mar 1;29(5):652-3. (PMID: 23325618) ; Ecol Evol. 2019 May 03;9(11):6444-6457. (PMID: 31236234) ; NAR Genom Bioinform. 2021 Jan 06;3(1):lqaa108. (PMID: 33575650) ; Genome Biol. 2019 Nov 14;20(1):238. (PMID: 31727128) ; Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1):. (PMID: 36525368) ; Nat Methods. 2021 Feb;18(2):170-175. (PMID: 33526886) ; Bioinformatics. 2013 Jan 1;29(1):15-21. (PMID: 23104886) ; Zookeys. 2020 Jun 04;938:97-124. (PMID: 32550787) ; G3 (Bethesda). 2020 Apr 9;10(4):1361-1374. (PMID: 32071071) Grant Information: ANR-20-CE02-0017 French National Research Agency Contributed Indexing: Keywords: Coenonympha arcania; Satyrinae; annotation; butterfly; chromosome-level assembly Entry Date(s): Date Created: 20240316 Date Completed: 20240401 Latest Revision: 20240401 Update Code: 20240401 PubMed Central ID: PMC10980516

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Chromosome-Level Assembly and Annotation of the Pearly Heath Coenonympha arcania Butterfly Genome.