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AlphaFold protein structure database (AlphaFold DB) archives a vast number of predicted models. We conducted systematic data mining against AlphaFold DB and discovered an uncharacterized P-loop NTPase family. The structure of the protein family was surprisingly novel, showing an atypical topology for P-loop NTPases, noticeable twofold symmetry, and two pairs of independent putative active sites. Our findings show that structural data mining is a powerful approach to identifying undiscovered protein families.

Titel:	Dual-wield NTPases: A novel protein family mined from AlphaFold DB.
Autor/in / Beteiligte Person:	Sakuma, K ; Koike, R ; Ota, M
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Protein science : a publication of the Protein Society, Jg. 33 (2024-04-01), Heft 4, S. e4934
Veröffentlichung:	2001- : Woodbury, NY : Cold Spring Harbor Laboratory Press ; <i>Original Publication</i>: New York, N.Y. : Cambridge University Press, c1992-, 2024
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1469-896X (electronic)
DOI:	10.1002/pro.4934
Schlagwort:	Catalytic Domain AAA Proteins metabolism Nucleoside-Triphosphatase chemistry Nucleoside-Triphosphatase metabolism Proteins chemistry
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [Protein Sci] 2024 Apr; Vol. 33 (4), pp. e4934. MeSH Terms: Nucleoside-Triphosphatase* / chemistry ; Nucleoside-Triphosphatase* / metabolism ; Proteins* / chemistry ; Catalytic Domain ; AAA Proteins / metabolism References: PLoS Pathog. 2017 Jul 13;13(7):e1006443. (PMID: 28704538) ; Bioinformatics. 2021 Dec 7;37(23):4575-4577. (PMID: 34498035) ; Protein Cell. 2020 Feb;11(2):124-137. (PMID: 31758528) ; Biomolecules. 2022 Oct 04;12(10):. (PMID: 36291635) ; J Mol Biol. 1994 May 20;238(5):777-93. (PMID: 8182748) ; Nature. 2021 Aug;596(7873):583-589. (PMID: 34265844) ; Protein Sci. 2018 Jan;27(1):112-128. (PMID: 28836357) ; Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D553-D559. (PMID: 34850923) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Dec 29;112(52):15898-903. (PMID: 26578815) ; J Mol Biol. 2010 Nov 26;404(2):220-31. (PMID: 20888343) ; Bioinformatics. 2018 Oct 1;34(19):3324-3331. (PMID: 29726907) ; Bioinformatics. 2015 Mar 15;31(6):926-32. (PMID: 25398609) ; Bioinformatics. 2010 Apr 1;26(7):889-95. (PMID: 20164152) ; Nat Struct Mol Biol. 2008 Nov;15(11):1228-31. (PMID: 18953336) ; Science. 2023 Mar 17;379(6637):1123-1130. (PMID: 36927031) ; Commun Biol. 2023 Feb 8;6(1):160. (PMID: 36755055) ; Nat Biotechnol. 2017 Nov;35(11):1026-1028. (PMID: 29035372) ; J Mol Biol. 2002 Mar 15;317(1):41-72. (PMID: 11916378) ; EMBO J. 1982;1(8):945-51. (PMID: 6329717) ; Nat Commun. 2019 Nov 22;10(1):5300. (PMID: 31757955) ; Nature. 2023 Oct;622(7983):637-645. (PMID: 37704730) ; J Mol Biol. 2003 Oct 31;333(4):781-815. (PMID: 14568537) ; Trends Biochem Sci. 1990 Nov;15(11):430-4. (PMID: 2126155) ; Biochemistry. 2019 Dec 3;58(48):4790-4793. (PMID: 31724394) ; Structure. 2009 Sep 9;17(9):1244-52. (PMID: 19748345) ; Nat Biotechnol. 2024 Feb;42(2):243-246. (PMID: 37156916) ; Nature. 1994 Aug 25;370(6491):621-8. (PMID: 8065448) ; Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D368-D375. (PMID: 37933859) ; J Mol Biol. 1996 Jan 12;255(1):235-53. (PMID: 8568871) ; mSphere. 2023 Aug 24;8(4):e0000523. (PMID: 37338207) ; Biopolymers. 1983 Dec;22(12):2577-637. (PMID: 6667333) ; Nat Methods. 2011 Dec 25;9(2):173-5. (PMID: 22198341) ; Nucleic Acids Res. 2021 Jul 2;49(W1):W431-W437. (PMID: 33956157) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2011 Aug 16;108(33):13462-7. (PMID: 21813758) ; Bioinformatics. 2023 Apr 3;39(4):. (PMID: 36961332) ; Trends Biochem Sci. 1998 Sep;23(9):347-52. (PMID: 9787641) ; PLoS Comput Biol. 2020 Dec 7;16(12):e1008502. (PMID: 33284792) ; Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W20-5. (PMID: 15215342) ; Proteins. 1995 Dec;23(4):566-79. (PMID: 8749853) ; Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D384-D388. (PMID: 36477806) ; Nat Methods. 2017 Jan;14(1):71-73. (PMID: 27819658) ; Nature. 2023 Oct;622(7983):646-653. (PMID: 37704037) ; J Mol Biol. 2006 Mar 17;357(1):275-91. (PMID: 16405997) ; Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W320-4. (PMID: 24753421) Grant Information: Japan Society for the Promotion of Science; 20H05932 KAKENHI; JP21H00394 KAKENHI Contributed Indexing: Keywords: NTPase; dark proteome; protein discovery; structure mining Substance Nomenclature: EC 3.6.1.15 (Nucleoside-Triphosphatase) ; 0 (Proteins) ; EC 3.6.4.- (AAA Proteins) Entry Date(s): Date Created: 20240319 Date Completed: 20240320 Latest Revision: 20240321 Update Code: 20240321 PubMed Central ID: PMC10949312

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Dual-wield NTPases: A novel protein family mined from AlphaFold DB.