Einzeltreffer — DigiBib

The genomes of plant and animal species are influenced by ancestral whole-genome duplication (WGD) events, which have profound impacts on the regulation and function of gene networks. To gain insight into the consequences of WGD events, we characterized the sequence conservation and expression patterns of ohnologs in the highly duplicated activin receptor signaling pathway in rainbow trout (RBT). The RBT activin receptor signaling pathway is defined by tissue-specific expression of inhibitors and ligands and broad expression of receptors and Co-Smad signaling molecules. Signaling pathway ligands exhibited shared expression, while inhibitors and Smad signaling molecules primarily express a single dominant ohnolog. Our findings suggest that gene function influences ohnolog evolution following duplication of the activin signaling pathway in RBT.

Competing Interests: Conflict of Interest The authors declare no competing interests.

Titel:	Gene Function is a Driver of Activin Signaling Pathway Evolution Following Whole-Genome Duplication in Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss).
Autor/in / Beteiligte Person:	Richman, JA ; Davis, LR ; Phelps, MP
Link:	Full Text Finder (Volltext)
Zeitschrift:	Genome biology and evolution, Jg. 16 (2024-05-02), Heft 5
Veröffentlichung:	Oxford, UK : Oxford University Press, 2024
Medientyp:	academicJournal
ISSN:	1759-6653 (electronic)
DOI:	10.1093/gbe/evae096
Schlagwort:	Animals Genome Activins metabolism Activins genetics Activin Receptors genetics Activin Receptors metabolism Oncorhynchus mykiss genetics Gene Duplication Signal Transduction Evolution, Molecular
Sonstiges:	Nachgewiesen in: MEDLINE Sprachen: English Publication Type: Journal Article Language: English [Genome Biol Evol] 2024 May 02; Vol. 16 (5). MeSH Terms: Oncorhynchus mykiss* / genetics ; Gene Duplication* ; Signal Transduction* ; Evolution, Molecular* ; Animals ; Genome ; Activins / metabolism ; Activins / genetics ; Activin Receptors / genetics ; Activin Receptors / metabolism References: Mol Biol Evol. 2018 Jun 1;35(6):1547-1549. (PMID: 29722887) ; Mol Endocrinol. 2007 Oct;21(10):2458-71. (PMID: 17609433) ; Mol Biol Evol. 2019 Mar 1;36(3):621-631. (PMID: 30517749) ; Genes Dev. 1994 Feb 15;8(4):414-27. (PMID: 8125256) ; BMC Evol Biol. 2009 Feb 03;9:28. (PMID: 19192293) ; J Exp Biol. 2013 Oct 1;216(Pt 19):3742-50. (PMID: 23788712) ; Genome Res. 2006 Jul;16(7):805-14. (PMID: 16818725) ; Genome Biol. 2017 Jun 14;18(1):111. (PMID: 28615063) ; Clin Cancer Res. 2007 Jan 1;13(1):102-10. (PMID: 17200344) ; Mol Biol Evol. 2022 Jan 7;39(1):. (PMID: 34718723) ; Am J Pathol. 2009 Jan;174(1):184-95. (PMID: 19095948) ; Semin Cell Dev Biol. 2014 Aug;32:85-97. (PMID: 24508081) ; Nat Commun. 2014 Apr 22;5:3657. (PMID: 24755649) ; Sci Rep. 2017 Aug 04;7(1):7301. (PMID: 28779173) ; Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol. 2009 Jul;297(1):R235-42. (PMID: 19474387) ; G3 (Bethesda). 2021 Dec 8;11(12):. (PMID: 34849767) ; Int J Mol Sci. 2018 Apr 11;19(4):. (PMID: 29641448) ; Ecol Evol. 2023 Apr 20;13(4):e9994. (PMID: 37091557) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 1997 Nov 11;94(23):12457-61. (PMID: 9356471) ; BMC Biol. 2010 Dec 13;8:146. (PMID: 21144020) ; Nat Rev Mol Cell Biol. 2012 Oct;13(10):616-30. (PMID: 22992590) ; Nature. 2016 Apr 18;533(7602):200-5. (PMID: 27088604) ; Endocr Rev. 2022 Mar 9;43(2):329-365. (PMID: 34520530) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Jul 31;98(16):9306-11. (PMID: 11459935) ; Genetics. 1999 Apr;151(4):1531-45. (PMID: 10101175) ; Plant Cell. 2022 Jul 4;34(7):2466-2474. (PMID: 35253876) ; Cell Rep. 2012 Nov 29;2(5):1387-98. (PMID: 23168259) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Dec 13;102(50):18117-22. (PMID: 16330774) ; Heredity (Edinb). 2005 Mar;94(3):280-94. (PMID: 15674378) ; BMC Genomics. 2003 Jul 29;4(1):31. (PMID: 12885301) ; BMC Evol Biol. 2009 Aug 08;9:194. (PMID: 19664233) ; Cancer Res. 1999 Dec 15;59(24):6113-7. (PMID: 10626800) ; Genome Res. 2022 Aug 12;:. (PMID: 35961774) ; Genome Biol. 2021 Apr 13;22(1):103. (PMID: 33849620) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 28;109(35):E2353-60. (PMID: 22869749) ; G3 (Bethesda). 2019 Jun 5;9(6):2017-2028. (PMID: 31010824) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 1987 Jul;84(14):5082-6. (PMID: 3474640) ; Nucleic Acids Res. 2018 Jan 4;46(D1):D816-D822. (PMID: 29087490) ; Cell Signal. 2020 Jul;71:109601. (PMID: 32184196) ; Nat Commun. 2016 Jul 04;7:12052. (PMID: 27373274) ; Am J Physiol Endocrinol Metab. 2007 Feb;292(2):E371-2. (PMID: 17003236) ; Proc Natl Acad Sci U S A. 2021 Jul 27;118(30):. (PMID: 34301898) ; Nat Commun. 2017 Apr 28;8:15153. (PMID: 28452368) ; Genetics. 1998 Feb;148(2):839-50. (PMID: 9504929) ; Mol Biol Evol. 2017 Nov 1;34(11):2773-2791. (PMID: 28981708) Grant Information: USDA; 2021-67015-33400 National Institute of Food and Agriculture Contributed Indexing: Keywords: activin; evolution; ohnolog; salmonid; teleost Substance Nomenclature: 104625-48-1 (Activins) ; EC 2.7.11.30 (Activin Receptors) Entry Date(s): Date Created: 20240503 Date Completed: 20240522 Latest Revision: 20240529 Update Code: 20240529 PubMed Central ID: PMC11110936

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Gene Function is a Driver of Activin Signaling Pathway Evolution Following Whole-Genome Duplication in Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss).